O World Trade Center sofreu um atentado a bomba em fevereiro de 1993. Um carro a bomba estacionado no subsolo do edifício explodiu, causando grandes danos. Seis pessoas morreram e mais de 1000 ficaram feridas. Os prejuízos foram calculados em mais de 1 bilhão de dólares.

Na ocasião, constatou-se que o sofisticado sistema de evacuação do edifício tinha muitas falhas. O sistema de luz emergencial não funcionou e mais de 50 mil pessoas que estavam no World Trade Center no momento do atentado ficaram no escuro. Além disso, um grupo de estudantes ficou preso em um dos elevadores durante horas.

Logo após o atentado, quatro radicais fundamentalistas foram presos e assumiram a autoria. O atentado de 1993 motivou um projeto anti-terrorista americano que aumentou poderes e o orçamento de autoridades federais, especialmente do FBI.