O São Paulo foi eleito o segundo melhor time da América do Sul na década de 2000 pela Federação Internacional de História e Estatística do futebol (IFFHS), que apontou o Boca Juniors em primeiro lugar.

Na sequência, figuram o argentino River Plate e os brasileiros Cruzeiro e Santos. A lista dos dez primeiros contém cinco equipes argentinas, quatro brasileiras e o Nacional, do Uruguai.

A classificação com os dez melhores da IFFHS é:
1.º - Boca Juniors (ARG), 2.095 pontos
2.º - São Paulo (BRA), 1.939
3.º - River Plate (ARG), 1.692
4.º - Cruzeiro (BRA), 1.622
5.º - Santos (BRA), 1.567
6.º - Internacional (BRA), 1.469
7.º - Nacional (URU), 1.459,5
8.º - San Lorenzo (ARG), 1.442
9.º - Estudiantes de La Plata (ARG), 1.370
10.º - Vélez Sarsfield (ARG), 1.367