Apesar do nível tecnológico ser elevado, o processo de colheita da soja acaba tendo desperdícios significativos. Um dos motivos é a má regulação das máquinas, que acaba proporcionando perdas que poderiam ser evitadas. Em cada hectar cultivado, em média, duas sacas ficam no chão.
O levantamento anual feito pela Embrapa, vinculada ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, aponta desperdício de 4,2% (contra 0,75% da média tolerável) da soja colhida na safra 2003/2004.
Considerando estes números, serão perdidas aproximadamente 42 milhões de sacas de soja nesta safra - o equivalente a cerca de R$ 2 bilhões, se cada saca for vendida a R$ 48,85.
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O desperdício poderia ser evitado com o monitoramento da operação de colheita. Produtores de Cambé são o exemplo de que é possível acabar com este desperdídio. Nesta região do Paraná, a perda média é de 0,46 sacas por hectare.