O projeto arquitetônico da Penitenciária Estadual de Piraquara foi elaborado para que os presos e as visitas não conheçam a estrutura da unidade. O detento não consegue ter noção do movimento na prisão unidade ou do trabalho dos funcionários, o que dificulta estratégias de fuga ou rebeliões.

A unidade tem um sistema de acesso especial para fortalecer a segurança. Todos os familiares dos presos e funcionários serão cadastrados num sistema informatizado e só entram no presídio depois de passar por um leitor ótico, que confirma a imagem, identificação e impressão digital do visitante.

Depois disso, os visitantes ainda são submetidos a revista pessoal e passam por um detector de metal. A PEP foi construída com uma arquitetura modular que permite o controle da circulação de pessoas. A penitenciária, que custou R$ 8,5 milhões ao governo do Paraná e ao Ministério da Justiça, será administrada pela empresa de segurança Ondrepsb, de Santa Catarina.