Preaqueça o forno a 180ºC por 10 minutos. Leve os pães de queijo ao forno, em uma forma untada, com 3 cm de distância entre eles, por 30 minutos, ou até que fiquem dourados.

Enquanto isso, faça o recheio: em uma vasilha, misture o Catupiry com as azeitonas pretas e com o tomilho, e tempere com noz-moscada. Coloque o recheio em um saco de confeitar com bico liso de 0,5 cm de diâmetro.

Assim que os pães estiverem assados, retire-os do forno. Fure cada pão de queijo, na lateral, com o bico, e injete o recheio. Sirva em seguida.